1、会不会有什么纠纷问题。
2、会不会强拆问题。
3、旧改会不会有赔偿问题。
一个个来说，先说关于纠纷的问题：
纠纷这种事儿肯定会有概率，这个无关产权，有人的地方就会纠纷，没有什么好说的。只要在手续审核和标的的审查方面，细致认真点，基本上都能避免大部分的纠纷。
有人会说，小产权房本身不受法律保护的，一旦起诉，即可直接拿回。我想说的是，你想多了。实际上真正能拿回去的有多少个？比较知名的案例，如果宝安明月花都事件（（2017）粤0306民初24998号），强如村委都未能通过起诉收回房子，更何况个人了！
另外，这个不受保护说的是，如果产生纠纷法院不受理，而并非房产不受保护。
第二个关于强拆的问题，这个问题稍微有点复杂，因素比较多，首先得分永久性历史遗留和临时性历史遗留，还有是否有踩线等等因素。
如果是正常的永久性建筑历史遗留违法，一样也是受保护的，不存在强拆迁这种操作，知名的案例是“北站最牛钉子户”，谈判历时七年，都未有被强拆【（2015）深中法行终字第102号】和今年4月份深圳龙华的【两兄弟返乡扫墓回来发现房子被拆，警方通报！】事件，细节可以自己去查看。
最后说的，如果旧改或者被征收有没有赔偿问题。这个问题就比较简单了，关于补偿条件和标准都在《深圳经济特区城市更新条例》和深圳市人民政府令（第292号）深圳市房屋征收与补偿实施办法（试行）里面。只是能不能赔房子和大概能赔多少的问题而已了。
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